El inicio de la producción de tilapia en el Ecuador fue realmente duro para los productores por la carencia de mercado, pero a raíz de la unión de estos con comercializadoras norteamericanas en 1996 es cuando Ecuador se perfila como líder en la producción, procesamiento y exportación de filetes frescos hacia EEUU y otros mercados.
Suárez Cruz comentan que en relación a la producción de tilapia, la primera empresa que inicia el cultivo con finalidad netamente exportadora en Ecuador, es la formada por el Ing. Hernán Maruri Castillo (U), quién con asesoría del técnico panameño Daniel Castilleros (1993-1995) y en sociedad con el Ing. Santiago Salem (I.P.S.P.) iniciaron la readaptación de la infraestructura de la camaronera Río Taura (250 has) para el cultivo de la tilapia roja a través de dos líneas importadas, en 1993 la red florida desde Jamaica y Panamá, y posteriormente en 1994 la red yumbo.
En Ecuador, la lucha para lograr cultivar la tilapia roja con sentido empresarial no fue fácil. Para esta época, ingresaron en Ecuador muchos potenciales productores, los cuales carecían de mercado, dependiendo de la venta de su producción a las grandes empacadoras que compraban la libra a bajos precios (US $ 0.40) aprovechando su monopolio sobre el mercado internacional, lo que ocasionó finalmente la salida de muchos productores y su regreso al cultivo del camarón que se encontraba en plena recuperación, empresas que sobrevivieron en estos primeros años fueron Modercorp y el Garzal (Provincia del Guayas).
Ecuador a partir de 1996, se comienza a perfilar como líder en la producción, procesamiento y exportación de filetes frescos hacia EEUU, esto se logra mediante la unión de los productores ecuatorianos con comercializadoras norteamericanas, siendo las sociedades más exitosas: Aqua Trade Corporation (I.P.S.P, Aquamar e Indupesca) con Tropical Aquaculture Products y Empacadora Nacional (ENACA) con Rain Forest Aquaculture (RFA), fusiones que rendirían sus frutos en la parte final de la década de los 90. Con la empresa Industrial Pesquera Santa Priscila, con sus plantas de proceso Mardelsa (tilapia) y Santa Priscila (camarón) y su fábrica de alimento balanceado Davipa, inicia un completo programa para el aprovechamiento de los desechos del proceso de la tilapia y el camarón utilizándolos en la fabricación de harinas para alimentos balanceados con gran éxito, disminuyendo los costos de producción.
En 1998 empresas como El Garzal (Provincia del Guayas) se dedicaron a producir tilapia principalmente para el mercado colombiano. En el año de 1999 Industrial Pesquera Santa Priscila utiliza la infraestructura de una camaronera de 200 ha. en el sector de Tierra Nueva para el cultivo de tilapia. Como un proyecto de educación ambiental y desarrollo comunitario realizado por La Reserva Ecológica Manglares Churute y Fundación Natura en el año 2000 se ejecuto un ensayo de cultivo de Chame con el fin de obtener un ingreso económico para la comunidad de el Caimital. El proyecto no tuvo buenos resultados debido a problemas de permeabilidad de suelos que no permitían mantener el nivel de agua del estanque. Al finalizar el ensayo se capturaron animales de poco peso (200 g) los cuales no eran comercializables para exportación y se consumieron entre los habitantes de la comunidad.
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